Raskere og billigere typing av gruppe B streptokokker

av Kari Williamson 4. juni 2012

Quicker and cheaper typing of group B streptococcus

av Kari Williamson 4. juni 2012

Andreas Radtke

Forskere ved Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer (LBK) ved NTNU har utviklet en bedre, raskere og billigere metode for å type gruppe B streptokokker (GBS) basert på repeterte områder i genomet.

GBS forårsaker livsfarlige infeksjoner hos nyfødte, gravide eller voksne med kroniske sykdommer. Det forårsaker også jurbetennelse hos storfe, forklarer universitetslektor Andreas Radtke, som har ledet forskningen.

Det som har vært hovedmotivasjonen for forskningen er at i 2006 forekom det unormalt mange dødsfall blant nyfødte på grunn av GBS:

– Normalt har vi mellom null og tre dødsfall i Norge av ellers velskapte unger i året. I 2006 hadde vi plutselig seks i løpet av det første halve året, noe som steg til 10 innen året var omme, og en del av disse så ut til å være samme klon, men vi kom ikke i havn med de typingsmetodene som vi hadde.

I 2006 brukte laboratoriet både pulsfelt gelelektroforese og multi-locus sekvens-typing metoder, men begge tar tid (opp til en uke) og gir ikke nok detaljer. Den nye MLVA metoden (se faktaboks) kan derimot gi et mer detaljert bilde innen et par dager.

Typingen gjøres for å se om det er slektskap mellom stammer av GBS for å se om det er en sammenheng mellom utbrudd, eller om det er isolerte tilfeller.

Mikrobiologisk avdeling har forsket på GBS i over 30 år og er det nasjonale referanselaboratorium for GBS.

Fransk konkurranse

En fransk gruppe har også utviklet en lignende metode, men med litt andre områder. Radtke sier han vil kontakte den franske gruppen for å finne en konsensusmetode. Han planlegger også en webside hvor man kan legge inn og sammenligne resultater.

Disputas

Radtke vil forsvare avhandlingen «Molekylære metoder for typing av Streptococcus agalactiae med særlig vektlegging av utvikling og validering av et multi-locus variable number of tandem repeats assay» onsdag 6. juni 2012.

Prøveforelesningen «Horisontal genoverføring – en måte for bakterier å få nye egenskaper?» finner sted kl. 10.15 og disputasen kl. 12.15 i Auditoriet, Laboratoriesenteret.

MLVA

Multi-locus variable number of tandem repeat assay (MLVA) er basert på variabiliteten i repeterte områder i bakteriens genom.

Publikasjoner

Du liker kanskje også

Andreas Radtke

 Researchers at the Department of Laboratory Medicine, Children’s and Women’s Health (LBK), NTNU, has developed a better, quicker and cheaper method for typing group B streptococcus (GBS) based on repeated areas in the genome.

GBS can cause life-threatening infections in newborn, pregnant women or adults with chronic diseases. It also causes mastitis in cattle, lead researcher Assistant Professor Andreas Radtke explains.

The main motivation for the research is the abnormally high number of deaths among newborn due to GBS in Norway in 2006:

“Normally we have between zero and three deaths annually among otherwise healthy newborn in Norway. In 2006 we suddenly had six during the first half, and this increased to 10 by the end of the year. Some of these seemed to come from the same clone, but we did not reach sufficient conclusions with the available methods.”

In 2006 the laboratory used pulsed gelelectrophoresis and multi-locus sequence typing, but both are time consuming (up to one week) and do not give sufficient detail. The new MLVA method (see fact box) however, can produce a more detailed pictured within days.

The typing is done to see if stems of GBS are related to determine whether outbreaks are connected, or are isolated cases.

The microbiological department has conducted research into GBS for more than 30 years, and is the national reference laboratory for GBS.

French competition

A French group has developed a similar method, but with slightly different areas. Radtke says he will contact the French group to find a consensus method. He also plans a website for collecting and comparing results.

Viva

Radtke will defend his thesis “Molecular methods for typing of Streptococcus agalactiae with special emphasis on the development and validation of a multi-locus variable number of tandem repeats assay (MLVA)” on Wednesday 6 June 2012.

MLVA

Multi-locus variable number of tandem repeat assay (MLVA) is based on the variability in repeated areas in the bacteria’s genome.

Publikasjoner

Du liker kanskje også